છેલ્લા કેટલાક મહિનાઓથી સૌરાષ્ટ્ર યુનીવર્સીટી વારંવાર વિવાદોના ઘેરામાં સપડાઈ રહી છે, તેવામાં યુનીવર્સીટી દ્વારા BAPS સંપ્રદાયનો નવો કોર્ષ શરુ કરવાની જાહેરાત કરવામાં આવતા ફરી એક વખત વિવાદનું વંટોળ સર્જાયું હતું. આ અંગે સનાતન હિંદુ ધર્મના સંતોએ વિરોધ નોંધાવ્યો હતો. જાણીતા સંત ઇન્દ્રભારતી બાપુએ પણ આ અંગે પોતાની નારાજગી વ્યક્ત કરી હતી. જે બાદ યુનીવર્સીટી દ્વારા BAPSના કોર્ષને રદ કરવામાં આવ્યો હતો.
