Cinq ans après les événements du premier épisode, le joueur y incarne un(e) Jedi, banni(e) par le Conseil des Jedi, suite à son choix d'avoir suivi Dark Revan pendant les Guerres Mandaloriennes, et coupé de son lien avec la Force.
Bien souvent, il sera confronté à des choix qui le feront basculer dans un coté de la Force (Lumineux ou Obscur). Il sera aidé par des alliés qu'il trouvera tout au long de l'histoire avec lesquels il pourra communiquer pour en savoir plus sur leurs histoires personnelles ou leurs compétences cachées et aura de l'influence sur eux (il pourra ainsi, contrairement au premier épisode où celà était impossible, les former à la Force, et en faire soit des Jedi soit des Sith). Il devra explorer des planètes (Dantooine, Telos, Korriban, Onderon, Dxun, Nar Shaddaa, Peragus II, Malachor V ...) pour effectuer la quête principale : soit rassembler tous les Jedi pour vaincre les Sith, soit se venger des Jedi en les tuant tous.
Il aura pour cela des armes (divisés en deux sortes : les armes de mêlée et les armes à distances), des vêtements, des équipements, des compétences, etc
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