La FCPE suscite l'indignation de certains. Sa co-présidente estime que l'assassinat de Samuel Paty est lié à, un problème de laïcité au sein même de l'école. Dans un tweet, supprimé depuis, elle dénonce une incapacité de l'école à faire vivre la laïcité et semble écarter la responsabilité du terroriste islamiste qui a décapité ce professeur martyre.
